プログラミング

NumPyでnp.linalg.normを使うよりもnp.einsumを使うほうが速い

3次元空間の2点間の距離は $$\sqrt{(x_2 - x_1)^2 + (y_2 - y_1)^2 + (z_2 - z_1)^2}$$ で計算できますが、2点ではなく多数の点があり、その相互の距離を計算したい場合などは、計算方法によっ...
プログラミング

NumPyのsortは遅いがpartitionを使うと速い

PythonのNumpyで、要素が非常に多い1次元配列をnp.sortやnp.argsortでソートした際の処理に時間がかかることに気づきました。いろいろ試していく中で、ソート後の値が小さい順に10個の要素だけ欲しいというような場合はnp....
MOPAC

ASEとMOPACで赤外スペクトル計算

PythonのASE (Atomic Simulation Environment) で赤外スペクトルを計算してみます。 計算方法 計算にはMOPACを使用します。ASEでMOPACを使うとエラーが出る場合がありますので、その場合は以下の記...
LAMMPS

LAMMPS ASE 正しい元素を表示する

PythonのASE(Atomic Simulation Environment) でLAMMPSのファイルを読み込むと、正しい元素が反映されないことがあります。LAMMPSは汎用なソルバーであり原子以外のものも計算ができますが、それゆえ原...
Linux

AlmaLinux9 AlmaLinux8 yumのプロキシ設定をやってGUIをインストールする

CentOS 7 からの移住先の一つ、AlmaLinux 9でyumのプロキシ設定をした時のメモです。ちなみにAlmaLinux 9.3 Minimal ISOをインストールした直後です。 まず管理者になって設定ファイルを開きます。 $ s...
QE

ASEでQEのデータを作ってCar-ParrinelloMDをやってASEで可視化する

PythonのASE(Atomic Simulation Environment) でQuantum ESPRESSOのデータファイルを作って、cp.xによる第一原理MD計算をやってみます。 入力データ作成と計算実行 以下の流れで進みます。...
Windows

Windows10, 11 消せないレジストリを消す方法

Windowsのレジストリ消したいのに消えない場合、アクセス許可や所有者を書き換えることで消せるようになる場合があります。
Windows

勝手にWindowsのスリープが解除される場合の対処法

最近買ったPC。使用していない間はスリープにする運用をしていましたが、Windowsアップデートか何かのきっかけでスリープにして数秒後に自動的に復帰してしまうようになりました。何度スリープしても勝手に復帰してしまう!原因はいろいろ考えられる...
LAMMPS

LAMMPSで水の粘度を計算

分子動力学法プログラムのLAMMPSを使って水の粘性係数を計算します。 Green-Kubo公式 $$\eta = \frac{V}{k_BT} \int_0^\infty \langle P_{xy}(0)P_{xy}(t) \rangl...
QE

Quantum ESPRESSO ATOMIC_SPECIES must be present before??

Quantum ESPRESSOの実行時に以下のエラーが出ました。Error in routine card_atomic_positions (2):ATOMIC_SPECIES must be present before 先に結論を言...