MOPAC

ASEとMOPACで赤外スペクトル計算

PythonのASE (Atomic Simulation Environment) で赤外スペクトルを計算してみます。 計算方法 計算にはMOPACを使用します。ASEでMOPACを使うとエラーが出る場合がありますので、その場合は以下の記...
LAMMPS

LAMMPS ASE 正しい元素を表示する

PythonのASE(Atomic Simulation Environment) でLAMMPSのファイルを読み込むと、正しい元素が反映されないことがあります。LAMMPSは汎用なソルバーであり原子以外のものも計算ができますが、それゆえ原...
QE

ASEでQEのデータを作ってCar-ParrinelloMDをやってASEで可視化する

PythonのASE(Atomic Simulation Environment) でQuantum ESPRESSOのデータファイルを作って、cp.xによる第一原理MD計算をやってみます。 入力データ作成と計算実行 以下の流れで進みます。...
QE

ASEでQEのデータを作って第一原理MDをやる

PythonのASE (Atomic Simulation Environment) でQuantum ESPRESSOのデータファイルを作って、pw.xによる第一原理MD計算をやってみます。 cp.xのほうの計算はこちら モデル作成 メタ...
LAMMPS

ASEでLAMMPSのデータを作って可視化する

PythonのASE (Atomic Simulation Environment) でLAMMPSのデータファイルを作って可視化する方法を解説します。
MOPAC

ASEでMOPACを動かす

PythonのASE (Atomic Simulation Environment) でMOPACを動かすとエラーが出ますが、ちょっと工夫をすれば動かせるようになります。
GAMESS

ASEとGAMESSを使って構造最適化

PythonのASE (Atomic Simulation Environment) でGAMESSによる構造最適化を実行する方法を解説します。GAMESSのモデリングツールや可視化ツールとしてもASEは使えそうです。
計算化学

ASEで分子を作成

PythonのASE (Atomic Simulation Environment) で分子を作成します。化合物名を入れる方法、SMILESやCIDで指定する方法、座標を直接入力する方法、ファイルインポート、可視化について解説します。
QE

Quantum ESPRESSOのファイルをASEで可視化する

PythonのASE (Atomic Simulation Environment) を使ってQuantum ESPRESSOの入力ファイルを可視化します。セル内の原子配置がどのようになっているかを簡単に確認できます。