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LAMMPS ASE 正しい元素を表示する

PythonのASE(Atomic Simulation Environment) でLAMMPSのファイルを読み込むと、正しい元素が反映されないことがあります。LAMMPSは汎用なソルバーであり原子以外のものも計算ができますが、それゆえ原...
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LAMMPSで水の粘度を計算

分子動力学法プログラムのLAMMPSを使って水の粘性係数を計算します。 Green-Kubo公式 $$\eta = \frac{V}{k_BT} \int_0^\infty \langle P_{xy}(0)P_{xy}(t) \rangl...
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LAMMPSをGPU用にコンパイル

NVIDIA GeForce RTX 4060 Tiを載せたPCでLAMMPSをGPU用にコンパイルしました。 環境 WSLです。グラフィックドライバやコンパイル環境の導入は他の詳しい記事を参考にしてください。 環境変数はmoduleで読み...
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LAMMPSでReaxFFを使って計算する

LAMMPSで反応力場 ReaxFFを使う方法を解説します。
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ASEでLAMMPSのデータを作って可視化する

PythonのASE (Atomic Simulation Environment) でLAMMPSのデータファイルを作って可視化する方法を解説します。
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LAMMPSのログをPython Matplotlibでグラフ化

LAMMPSの計算結果の温度やエネルギーなどが書かれたログをNumpyで読み込み、Matplotlibでグラフにします。非GUI環境でMatplotlibを使う方法も解説しています。
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LAMMPS SPC/E水モデルの計算

LAMMPSで剛体水分子のSPC/Eを使って水の平均密度を計算しました。コマンドライン引数で計算ファイル内の変数を指定する方法も解説しています。
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LAMMPS パッケージ確認方法

LAMMPSビルド時に有効化されているpackageの確認方法や、Windows版にインストールされているパッケージ一覧を見てみました。
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LAMMPSをGPUで動かす

LAMMPSをGPU(AMDのCPU内蔵グラフィックとGeForce RTX 4060 Ti)で実行してみたところ、すごく速くなりました。CPUとの結果の比較をしました。
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LAMMPSのベンチマークを動かしてみる

LAMMPSのベンチマークデータを動かしてみました。計算速度の読み取り方についても解説しています。