計算化学

MOPAC

ASEとMOPACで赤外スペクトル計算

PythonのASE (Atomic Simulation Environment) で赤外スペクトルを計算してみます。 計算方法 計算にはMOPACを使用します。ASEでMOPACを使うとエラーが出る場合がありますので、その場合は以下の記...
LAMMPS

LAMMPS ASE 正しい元素を表示する

PythonのASE(Atomic Simulation Environment) でLAMMPSのファイルを読み込むと、正しい元素が反映されないことがあります。LAMMPSは汎用なソルバーであり原子以外のものも計算ができますが、それゆえ原...
QE

ASEでQEのデータを作ってCar-ParrinelloMDをやってASEで可視化する

PythonのASE(Atomic Simulation Environment) でQuantum ESPRESSOのデータファイルを作って、cp.xによる第一原理MD計算をやってみます。 入力データ作成と計算実行 以下の流れで進みます。...
LAMMPS

LAMMPSで水の粘度を計算

分子動力学法プログラムのLAMMPSを使って水の粘性係数を計算します。 Green-Kubo公式 $$\eta = \frac{V}{k_BT} \int_0^\infty \langle P_{xy}(0)P_{xy}(t) \rangl...
QE

Quantum ESPRESSO ATOMIC_SPECIES must be present before??

Quantum ESPRESSOの実行時に以下のエラーが出ました。Error in routine card_atomic_positions (2):ATOMIC_SPECIES must be present before 先に結論を言...
QE

ASEでQEのデータを作って第一原理MDをやる

PythonのASE (Atomic Simulation Environment) でQuantum ESPRESSOのデータファイルを作って、pw.xによる第一原理MD計算をやってみます。 cp.xのほうの計算はこちら モデル作成 メタ...
LAMMPS

LAMMPSをGPU用にコンパイル

NVIDIA GeForce RTX 4060 Tiを載せたPCでLAMMPSをGPU用にコンパイルしました。 環境 WSLです。グラフィックドライバやコンパイル環境の導入は他の詳しい記事を参考にしてください。 環境変数はmoduleで読み...
QE

QEをGPU用にコンパイル

NVIDIA GeForce RTX 4060 Tiを載せたPCでQuantum ESPRESSOをGPU用にコンパイルしました。 環境 WSLです。グラフィックドライバやコンパイル環境の導入は他の詳しい記事を参考にしてください。 $ nv...
LAMMPS

LAMMPSでReaxFFを使って計算する

LAMMPSで反応力場 ReaxFFを使う方法を解説します。
LAMMPS

ASEでLAMMPSのデータを作って可視化する

PythonのASE (Atomic Simulation Environment) でLAMMPSのデータファイルを作って可視化する方法を解説します。