2023-12

LAMMPS

LAMMPSで水の粘度を計算

分子動力学法プログラムのLAMMPSを使って水の粘性係数を計算します。 Green-Kubo公式 $$\eta = \frac{V}{k_BT} \int_0^\infty \langle P_{xy}(0)P_{xy}(t) \rangl...
QE

Quantum ESPRESSO ATOMIC_SPECIES must be present before??

Quantum ESPRESSOの実行時に以下のエラーが出ました。Error in routine card_atomic_positions (2):ATOMIC_SPECIES must be present before 先に結論を言...
QE

ASEでQEのデータを作って第一原理MDをやる

PythonのASE (Atomic Simulation Environment) でQuantum ESPRESSOのデータファイルを作って、pw.xによる第一原理MD計算をやってみます。 cp.xのほうの計算はこちら モデル作成 メタ...
LAMMPS

LAMMPSをGPU用にコンパイル

NVIDIA GeForce RTX 4060 Tiを載せたPCでLAMMPSをGPU用にコンパイルしました。 環境 WSLです。グラフィックドライバやコンパイル環境の導入は他の詳しい記事を参考にしてください。 環境変数はmoduleで読み...
QE

QEをGPU用にコンパイル

NVIDIA GeForce RTX 4060 Tiを載せたPCでQuantum ESPRESSOをGPU用にコンパイルしました。 環境 WSLです。グラフィックドライバやコンパイル環境の導入は他の詳しい記事を参考にしてください。 $ nv...
LAMMPS

LAMMPSでReaxFFを使って計算する

LAMMPSで反応力場 ReaxFFを使う方法を解説します。
LAMMPS

ASEでLAMMPSのデータを作って可視化する

PythonのASE (Atomic Simulation Environment) でLAMMPSのデータファイルを作って可視化する方法を解説します。
計算化学

Ubuntu 22.04.3でDeePMD-kitを動かす

DeePMD-kitをUbuntuのdockerで動かすための導入方法について解説します。
Linux

Ubuntu 22.04.3にdockerをインストール

Ubuntuにdockerをインストールしました。WSLでも同じだと思います。実行したコマンドは以下の通りです。 sudo apt install ca-certificates curl gnupg lsb-release sudo mk...
プログラミング

PythonのNumPyで自己相関関数

分子動力学法の解析でよく使う自己相関関数をPythonで書きます。 Green-Kubo公式 自己相関関数は何に使うか?というとGreen-Kubo公式で使います。速度自己相関関数から自己拡散係数が分かるとか、圧力の自己相関関数から粘度が分...