分子動力学計算の条件を設定するには現実スケールの物を分子スケールに縮小して考える必要がありますが、その計算は地味に面倒です。そこでそれを計算できる電卓をJavaScriptで作りました。
目次をクリックすると目的の計算にジャンプします。
※計算はブラウザ上で実行されるのでサーバに計算履歴は残りません。
今はまだ2種類だけですが、増やしていきたいと思っています。
密度と分子量から1分子当たりの体積を計算
分子1個の体積がどれくらいなのかを、密度をもとに計算します。
計算フォーム
分子1個当たりの体積 [ų]:
計算方法
1molの物質の体積 [cm3]＝ 分子量[g/mol] / 密度[g/cm3]
1分子の体積 [cm3] ＝ 1molの物質の体積[cm3] / アボガドロ数
（アボガドロ数は 6.02214076×1023）
あとはcm3をÅ3に変換
水溶液の濃度から分子数を計算
MD計算で濃度を考慮した溶液モデルを作るには溶質分子数と水分子数を計算する必要があります。ここでは溶質分子1個に対して水分子が何個必要なのかを計算します。分子の個数が整数になるようにしているので、設定している密度とは少し差が生じます。
計算フォーム
水分子の個数:
溶質分子の個数:
厳密な濃度[wt%]:
計算方法
溶質分子1個の質量と、指定された質量％濃度を実現するために必要な水の質量を計算し、その水の質量が水分子何個分なのかを計算しています。
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