Quantum ESPRESSOのファイルをASEで可視化する

QE

PythonのASE (Atomic Simulation Environment) を使ってQuantum ESPRESSOの入力ファイルを可視化したいと思います。

  • 環境
    • Windows11
    • Python 3.11.4
スポンサーリンク

ASEのインストール

WindowsのコマンドプロンプトでPythonを動かします。WSLではなくネイティブのWindowsです。
前提は、Python3.8以上NumPySciPyが入っていることです。
またMatplotlibtkinterはオプションですが、今回の目的は可視化なのでこれらも入れておきましょう。
Windowsの場合、NumPy、SciPy、Maptlotlibはpipで入ります。

pip install パッケージ名
pip install パッケージ名 --proxy="http://プロキシサーバ:8080" (プロキシの場合)

ASEのインストールは

pip install --upgrade ase

です。公式では

pip install --upgrade -user ase

ですが、このように-userが付くとASEの付属プログラムが %APPDATA%/Python/Scripts にインストールされます。私は-userなしでインストールしました。

スポンサーリンク

QEの入力ファイルの可視化

適当なファイルということでAUSURFを取ってきましょう。

ここのausurf.inをダウンロードし、ASEで表示します。

ase gui ausurf.in
ASEのウィンドウ

なんかズレてますね。ausurf.inを見ると分かりますが、座標の数値がセルサイズよりも大きいです。これはこれで正しい表示ですが、セルの中にwrapしましょう。
Edit > Edit cell Cell Editor を開き、Wrap を実行して×で閉じます。

    Editメニュー
    Cell Editor
    AUSURFモデル

    いい感じに可視化できました。
    キーボードのX Y Zや1 2 3、マウスの右クリックやホイール回転で視点を操作できます。

    以上のように、ASEのGUI機能によってQuantum ESPRESSOの入力ファイルを簡単に可視化することができました。
    リッチな3Dグラフィックというわけではないですが、このチープさが必要な場面はありますよね。

    コメント

    タイトルとURLをコピーしました