ASEでQEの全スナップショットを読みこむ

ASEでQuantum ESPRESSOのMDやRelaxの計算結果を読み込んだけどスナップショット1枚分しか読み込まれない場合の対処法を紹介します。

対処法

ase.io.readでindex=”:”を付けるだけです。

from ase.io import read

qe_out    = "diamond.out"
traj      = read(qe_out, format="espresso-out", index=":")

こうすることでoutファイルに含まれる全スナップショットがトラジェクトリとして読み込まれます。

このindexは、

index=0	最初の構造
index=-2	最後から2番目の構造
index=”:”	全部
index=”-3:”	最後から3,2,1番目の構造
index=”::2″	偶数番目
index=”1::2″	奇数番目

のように指定できます。