GAMESS

GAMESSで分極率を計算する

量子化学計算プログラムのGAMESSで分極率を計算しましたが、結果は実際の値よりも小さくなりました。でもこれが合っているのかは自信がないです。
GAMESS

ASEとGAMESSを使って構造最適化

PythonのASE (Atomic Simulation Environment) でGAMESSによる構造最適化を実行する方法を解説します。GAMESSのモデリングツールや可視化ツールとしてもASEは使えそうです。
計算化学

ASEで分子を作成

PythonのASE (Atomic Simulation Environment) で分子を作成します。化合物名を入れる方法、SMILESやCIDで指定する方法、座標を直接入力する方法、ファイルインポート、可視化について解説します。
Windows

WSLのプログラムをWSLに入らずに実行

WSL2に置いてある実行ファイルをコマンドプロンプト等のWindows側のシェルで実行する方法です。WSL側にあるLD_LIBRARY_PATH等の環境変数を読み込ませて実行することも可能です。
プログラミング

Pythonのpipでプロキシ設定

Pythonのpipを使う際にプロキシが要る場合は以下のようにします。 pip install --upgrade pip --proxy="" pip install --upgrade setuptools --proxy="" pip...
MOPAC

MOPACで分極率を計算する

半経験的分子軌道法プログラムのMOPACを使って分子の分極率を計算する方法を解説します。
MOPAC

RDKitを使ってSMILESからMOPAC入力ファイル作成

PythonのRDKitを使ってSMILESから3次元の座標ファイルを生成し、MOPACで計算してみました。
プログラミング

Windows11 Visual Studio Codeのダウンロード/インストール/日本語化

Windows11にMicrosoftのVisual Studio Code (VS Code) をインストールして日本語化する方法を画像付きで分かりやすく解説します。User InstallerとSystem Installerの違い、エラーの解説などもあります。
QE

Quantum ESPRESSOのファイルをASEで可視化する

PythonのASE (Atomic Simulation Environment) を使ってQuantum ESPRESSOの入力ファイルを可視化します。セル内の原子配置がどのようになっているかを簡単に確認できます。
QE

Quantum ESPRESSOをWSLでビルドする

Quantum ESPRESSOをWindows11のWSL上でソースからビルドする方法を解説します。Ubuntuへのインストールも同様です。